O Conselho Científico-Pedagógico é composto pelo Director-Geral, que o preside; Directores-Gerais Adjuntos; Dois Docentes com categoria de Professor, residentes em Moçambique, eleitos por um das Faculdades; Dois investigadores, com grau de Doutor, eleitos por cada uma das Faculdades; Um representante do Conselho Científico de cada uma das instituições universitárias com quem tenha sido celebrado um acordo que o contemple; e um representante eleito pelo Conselho de Direcção.
