O Conselho de Direcção do ISArC é composto pelo Director Geral, que o preside, os Directores Gerais Adjuntos, os Directores das Faculdades e os Directores dos Serviços Centrais. Contudo, podem ser convidados às sessões deste órgão técnicos e especialistas de áreas específicas, em função dos assuntos a tratar.
O Conselho Científico-Pedagógico é composto pelo Director-Geral, que o preside; Directores-Gerais Adjuntos; Dois Docentes com categoria de Professor, residentes em Moçambique, eleitos por um das Faculdades; Dois investigadores, com grau de Doutor, eleitos por cada uma das Faculdades; Um representante do Conselho Científico de cada uma das instituições universitárias com quem tenha sido celebrado um acordo que o contemple; e um representante eleito pelo Conselho de Direcção.
A Direcção Geral do ISArC é constituída por três entidades, o Director-Geral, cargo actualmente exercido pelo Dr. Filimone Manuel Meigos, o Director-Geral Adjunto para Área Científico Pedagógica, o Prof. Doutor Isaú Meneses, e pela Directora-Geral Adjunta para Área de Administração e Finanças, Dra. Matilde Muocha.
O Conselho de Geral do ISArC é o órgão deliberativo do Instituto e é constituído pelo Director-Geral, que o preside, pelos Directores Gerais Adjuntos, os Directores das Faculdades, dois representantes dos Docentes, um representante dos estudantes, um representante do Pessoal Técnico Administrativo e por três individualidades com experiência comprovada no domínio das Artes e Cultura. O Conselho Geral do ISArC tem ainda como membros os representantes dos serviços centrais. O Conselho Geral reúne-se ordinariamente três vezes por ano e extraordinariamente quando convocado pelo Presidente ou pela maioria dos seus membros.
