A Direcção Geral do ISArC é constituída por três entidades, o Director-Geral, cargo actualmente exercido pelo Dr. Filimone Manuel Meigos, o Director-Geral Adjunto para Área Científico Pedagógica, o Prof. Doutor Isaú Meneses, e pela Directora-Geral Adjunta para Área de Administração e Finanças, Dra. Matilde Muocha.